همانطور که در جلسات آزمایشگاه گفته شد پس از تعیین میزان غلظت DNA استخراج شده بایستی کیفیت DNA استخراج شده نیز از نظر سالم بودن،نداشتن شکستگی های احتمالی و خالص بودن مورد ارزیابی قرار گیرد که معمولا برای این منظور از الکتروفورز افقی با ژل آگارز استفاده می شود.
عکس زیر مربوط به ژل آگارز با غلظت 0.8 درصد برای تعیین کیفیت DNA ژنومی است.